Однажды по всему миру появляется «призрачный флот», корабли, оснащённые супер-оружием. Не имея возможности противостоять ему, человечество было вытеснено с моря. Спустя 17 лет после разрушительной морской войны Гунзо Чихайя вместе со своими друзьями умудряется каким-то образом заполучить одну из вражеских субмарин и даёт ей название I-401.