Действие разворачивается в далёком будущем в открытом космосе. За тысячу лет до описываемых событий Земля была уничтожена гигантскими, практически неуязвимыми и едва ли разумными инопланетными тварями под названием, прости господи, Гауна. Остатки человечества бежали из Солнечной системы на гигантских космических кораблях, собранных из обломков с Земли. Но и сейчас, десять веков спустя, пришельцы продолжают преследовать их, представляя серьёзнейшую опасность. Для собственной защиты люди научились строить гигантские механизированные орудия Морито (меха, ага), которые более-менее успешно выполняют своё предназначение. Вся жизнь главного героя по имени Нагате Таникадзе прошла глубоко в недрах корабля под названием «Сидония», обитатели, которого, во-первых, создали общество, основанное на японской культуре, а во-вторых, не брезгуют генной инженерией, скрещивая людей с животными и растениями (получаются, например, люди, питающиеся посредством фотосинтеза), создавая клонов и даже выводя человеческие особи неопределенного пола. Вот только Нагате ничего этого не знает: всю жизнь он провёл в изоляции, причём главным его развлечением были ежедневные тренировки на устаревшем меха-симуляторе. Когда же он наконец попадает в общество, выясняется, что у парня просто-таки невероятные боевые навыки и ему всенепременно нужно становиться настоящим пилотом.