Действия фильма разворачиваются спустя двенадцать лет, с того времени, как житель пустыни Пол Муад-Диб Атрейдес решил подчинить своей власти всю Империю. Спустя двенадцать лет все известные планеты оказались в руках Пола, и он стал единоличным правителем Империи. Барон Харконнен не отказался от своих планов прибрать власть к своим рукам. Теперь барон хочет расправиться с детьми Пола и тем самым заполучить власть над Империей. Судьба Дюны теперь в руках сына Пола, в борьбе с бароном ему помогут его сверхъестественные способности.